欠勤1日につき、ペナルティで1万円引かれる

ノーワークノーペイとしての減給であれば問題ないが、ペナルティとしての減給であれば違法である可能性もゼロではないです。

ノーワークノーペイ

労働者には、決められた日時に労働する義務があります。その労働義務を果たさなかった時間、つまり働かなかった時間に対する賃金は支払われません。これをノーワーク・ノーペイの原則といいます。
働かなかった時間に対する賃金を請求する権利も発生しません。

働かない分を貰えないわけですから、この場合の減額支給に問題はありません。
ただし、働いていない時間の分以上の減額をしている場合には、賃金の未払いであり法律に違反しています。

ペナルティ

欠勤したり遅刻や早退をした場合に、働かなかった時間分を超えて賃金を減額（減給）することは制裁という懲戒処分であり、ノーワークノーペイとは別ものです。

減給の制裁は、労働基準法第91条により、次のように決められています。

• 1回の額が平均賃金1日分の半額まで
• 減給額の総額が一賃金支払期の賃金の10分の1まで

たとえば、1日の平均賃金が1万円なら1回につき5千円まで、月の賃金が30万円なら1か月の総額が3万円までの減給の制裁（ペナルティ）が可能ということになります。

ただし、制裁を行うための前提として、会社が制裁（懲戒処分）を行うためには、就業規則に制裁の規定を定め、その就業規則を従業員に周知させておく必要があります。

上で書いた条件が満たされていれば、質問のケースは違法ではありません。